Sustav upravljanja kvalitetom KZZK prema HRN EN ISO 15189 osiguravaju kontinuirana a) unutarnja neovisna ocjena, b) vanjska neovisna procjena kvalitete, c) svakodnevna unutarnja kontrola analitičkog rada, i d) godišnje provjera sukladnosti rada KZZK sa svim točkama norme (kontrola akreditacije).
a) Svakodnevnu unutarnju kontrolu kvalitete rada provodi medicinski biokemičar ili specijalist medicinske biokemije i kontinuirano skrbi o zapisima i provjeri rezultata kontrole.
b) Vanjsku neovisnu procjenu kvalitete analitičkog rada provode mjerodavne institucije za provođenje procjene kvalitete, 2 – 3 puta godišnje.
CROQALM – Hrvatski centar za vrednovanje kvalitete u laboratorijskoj medicini (pri Hrvatskom društvu za medicinsku biokemiju i laboratorijsku medicinu) za područje opće laboratorijske hematologije i koagulacije, opće i dijela specijalne medicinske biokemije, plinova u krvi, kompletne analize mokraće
RFB (DGKL) – Reference Institute for Bioanalytics of the German Society of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine, za područje specijalne medicinske biokemije, laboratorijske hematologije i kolagulacije, molekularne dijagnostike, metoda suhe kemije, analitičke toksikologije, imunologije
INSTAND – Society for Promotion of Qualty Assurance in Medical Laboratories, za područje specijalne medicinske biokemije, laboratorijske hematologije i kolagulacije, metoda suhe kemije, analitičke toksikologije
UK NEQAS – United Kingdom National External Quality Assessment Service, za područje specijalne biokemije – analiza klorida u znoju
ECAT Foundation – International External Quality Assessment Programme, za područje tromboze i hemostaze
LABQUALITY (External Quality Assessment Services) za područje laboratorijske hematologije i kolagulacije, molekularne dijagnostike i specijalne medicinske biokemije
Međulaboratorijska usporedba s Kliničkim zavodima za laboratorijsku dijagnostiku KBC Zagreb i KB Dubrava za one pretrage koje nisu uvrštene u komercijalne programe kontrole kvalitete.
c) Unutarnju neovisnu ocjenu provodi prema godišnjem planu organizira i provodi Voditelj kvalitete i ocjenitelji Odsjeka za upravljanje kvalitetom i kontrolu kvalitete analitičkog rada.
d) Godišnju provjeru akreditacije prema normi HRN EN ISO 15189 provodi Hrvatska akreditacijska agencija.
